高性能計算挑戰：用云計算來攻克癌癥

▲美國高級生物醫學計算中心信息系統部研究人員 Jack R. Collins博士

    Jack R. Collins博士是美國高級生物醫學計算中心信息系統部的研究人員，他在29號的演講中就目前如何應用高性能計算和云計算來攻克癌癥研究做了有關介紹，分享了經驗。

    Jack博士表示，2009年美國每56秒會有一位病人因為癌癥去世，而到了2010年新確診的癌癥病人已經超過160萬個。這進一步說明癌癥目前已經嚴重威脅人類生命健康，也成為國際醫學界主要的研究和攻克對象。

    從醫學研究的角度來看，癌癥研究目前主要從藥物研究、致癌機理、基因學等不同角度在進行。而不論是基因研究還是藥物研究都需要大量的計算模擬做研究支持。對于NCI美國國家癌癥研究中心來說，癌癥的研究已經成為驅動其高性能計算發展的主要因素。而研究中心的數據規模也隨著癌癥研究的深入和數學模型的日益精確爆炸式的增長。

    Jack博士認為以上這些因素為高性能計算帶來了四大挑戰：如何應對數據的海量增長；如何應對計算性能增長帶來的系統壓力；如何從軟件和系統的角度來做長遠規劃；如何應對來自社會的可靠性和安全性質疑。

▲數據大規模增長會為存儲后臺，網絡帶寬以及自動化、安全帶來問題

▲計算規模的增加則會對程序并行度、I/O環境、編程復雜度造成巨大的阻礙

▲如何從長遠的角度解決平臺系統搭建、HPC編程以及人員培訓問題是需要思考的

▲對于虛擬化的穩定性，數據安全以及存儲環境的需求如何找到共同的答案

    Jack博士表示，也許未來云計算可以解決上述難題，最終將HPC變成計算即服務（CAAS）、信息即服務（IAAS）等來解決醫學研究中的計算互通性和數據共享。

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